Treize ans avant que Thomas et d'autres survivants ne se retrouvent prisonniers d'un labyrinthe, une éruption solaire a frappé la Terre, et une épidémie frappe alors la côte est des Etats-Unis condamnant les malades à la folie, voire à la mort. Laissant derrière eux leur campement de cabanes, huttes et terriers en quarantaine, Mark et Trina partent à la recherche du remède à ce virus.